Prestations d’analyse des échantillons dans le cadre du projet ClimGenOlive

Type d’analyse et de sous- Traitance : Séquençage du génome entier à longues lectures (Oxford Nanopore Technologies, ONT) Espèce cible :Olea europaea (olivier) Type d’échantillon :Feuilles jeunes lyophilisées Nombre d’échantillons : 2 échantillons Extraction d’ADN : ADN de très haut poids moléculaire (HMW) de haute qualité (ratio 260/280 : 1,8–2,0 ; taille des fragments > 50 kb, concentration > 50 ng/µL) Préparation de la bibliothèque : Bibliothèque ADN HMW avec une taille moyenne d’environ 30 kb Plateforme de séquençage : Oxford Nanopore Technologies (ONT) Profondeur / rendement de séquençage : ~100 Gb de données par échantillon (~50× de couverture du génome, taille du génome diploïde estimée ~3 Gb) Profil de longueur des lectures : Majorité des lectures > 20 kb, avec N50 > 25 kb Appel de bases / Qualité : > 80 % des bases à > Q30 Livrables de données : • Données de séquençage brutes au format FASTQ (après basecalling) • Données de signal brut au format POD5/FAST5 • Rapport de séquençage (rendement, distribution des longueurs de lecture, métriques de qualité) Livraison des données brutes : Transfert de fichiers sécurisé (sFTP ou accès à un serveur dédié) Niveau de service : Usage recherche uniquement (Research Use Only)